Сюжет в Red Alert берёт начало спустя некоторое время после Второй мировой войны. Альберт Эйнштейн разрабатывает машину времени, получившую название «Хроносфера», и использует её, чтобы устранить из истории Гитлера и тем самым предотвратить Вторую мировую войну. Однако результаты воздействия на прошлое оказываются непредвиденными. В альтернативной истории Германия действительно не развязывает войну, но ничем не сдерживаемый Советский Союз во главе со Сталиным предпринимает массированное наступление на Европу. Игрок может выбрать одну из двух воюющих сторон: Альянс или СССР.
